El Patronato es el principal órgano de gobierno de la Fundación Biodiversidad. Está compuesto por representantes de diferentes ministerios del Gobierno de España del ámbito de la conservación de la naturaleza.

1. PRESIDENTA Dña. Teresa Ribera Rodríguez. Ministra para la Transición Ecológica.
2. VICEPRESIDENTE D. Hugo Morán Fernández. Secretario de Estado de Medio Ambiente.
3. Dña. Juana María Lázaro Ruiz. Subsecretaria para la Transición Ecológica.
4. D. Francisco Javier Cachón de Mesa. Director General de Biodiversidad y Calidad Ambiental.
5. Dña. Ana María Oñoro Valenciano. Directora General de Sostenibilidad de la Costa y del Mar.
6. D. Juan José Areces Maqueda. Director del Organismo Autónomo Parques Nacionales.
7. D. Eduardo Balguerías Guerra. Director Instituto Español de Oceanografía.
8. Dña. Alicia Villauriz Iglesias, Secretaría General de Pesca del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación.
9. Dña. Isabel Bombal Díaz Directora General de Desarrollo Rural, Innovación y Política Forestal, del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación.
10. D. Antonio Vercher Noguera. Fiscal de Sala contra los delitos relativos a la ordenación del territorio y la protección del patrimonio histórico, del medio ambiente e incendios forestales.
11. General Jefe del Seprona.
12. D. Ignacio Blasco Lozano, Secretario del Patronato.