El Patronato es el principal órgano de gobierno de la Fundación Biodiversidad. Está compuesto por representantes de diferentes ministerios del Gobierno de España del ámbito de la conservación de la naturaleza.

1.- Presidenta: Dña. Teresa Ribera Rodríguez. Vicepresidenta tercera y ministra para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico 

2.- Vicepresidente primero: D. Hugo Morán Fernández. Secretario de Estado de Medio Ambiente

3.- D. Miguel Ángel González Suela. Subsecretario para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico

4.- D. Francesc Xavier Boya. Secretaría General del Reto Demográfico del Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico

5.- D. Jorge Luis Marquínez García. Director general de Biodiversidad, Bosques y Desertificación del Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico

6.- Dª. Ana María Oñoro Valenciano. Directora general de Sostenibilidad de la Costa y el Mar

7.- Dª. Valvanera María Ulargui Aparicio. Directora General de la Oficina Española de Cambio Climático

8.- D. Ismael Aznar Cano. Director General de Calidad y Evaluación Ambiental

9.- Dª. Alicia Villauriz Iglesias. Secretaria General de Pesca

10.- D. Javier Tomás Ruiz Segura. Director del Instituto Español de Oceanografía

11.- D. Antonio Vercher Noguera. Fiscalía de Medio Ambiente

12.- D. Clemente García Barrios. Jefatura del Servicio de Protección de la Naturaleza de la Guardia Civil